Čtvrcené pole štítu dokládá, že obec Cotkytle se skládá ze čtyř původně samostatných částí - Cotkytle, Herbortic, Janoušova a Mezilesí.

První pole představuje obec Cotkytli. V stříbrném poli je červené srdce s třemi kvetoucími modrými květy se zlatými středy na zelených stoncích. Stonky a květy pochází z nejstarší známé pečeti obce z roku 1749. Jedná se o znamení, které se dosti často vyskytuje jako pečetní znamení řady obcí zejména v oblasti s původně německým obyvatelstvem. V heraldické symbolice znamená ženskou lásku, poctivost a upřímnost. Modré květy pak představují len, rostlinu, která byla v okolí hojně pěstována.

Druhé pole představuje obec Herbortice. Jeho zelená barva dokládá zemědělský charakter obce, podobnou symboliku mají kosa a radlice. Zlatý květ představuje důležitost lnu, který se v obci hojně pěstoval. Použitá znamení lze najít na nejstarší pečeti obce, jejíž podoba je známa již na přelomu 18. a19. století.

Třetí pole symbolizuje původní obec, později jen osadu Janoušov. Rozeklaný kmen je částí znamení, které bylo užíváno na pečeti původní vsi již na konci 18. století. Zelené pahorky představují okolní kopce porostlé lesem a torzo kmene symbolizuje les, který na místě původní vsi rostl.

Čtvrté pole představuje původní ves Laudon, která byla později přejmenována na Mezilesí. Červený kříž připomíná patrona obce svatého Jiří, který je také vyobrazen na původní pečeti.

Podoba praporu vychází z výše popsaného znaku s tím, že obsahuje jen znamení patřící hlavní obci, kterou je Cotkytle. Ostatní obce zastupují jejich znaková pole - dolní žerďové pole modré (Janoušov), horní vlající pole zelené (Herbortice) a dolní vlající pole bílé (Mezilesí).